生態系統環境損害鑒定主要是對農業、林果業、畜牧業及水產業四個行業因污染環境或破壞生態訴訟涉及的專門性問題進行鑒別和判斷并提供鑒定意見的活動。該類別司法鑒定具體受理的業務如下：
（一）生態系統環境損害鑒定涉及農業技術及損失鑒定：包括鑒定農作物（包括糧食作物、油料作物、蔬菜作物、藥用作物等）種類；確定農作物是否受損、損害數量、范圍和程度；判斷污染環境（排放的廢水、廢氣、傾倒填埋的固體廢物、農業投入品質量等導致大氣、地表水、地下水及土壤等環境因素的污染）與農業生產損害之間的因果關系鑒定；判斷非法占用、工程建設、礦產開采、濫采濫伐、毀草開荒、建筑遮光、植物病蟲害、農業投入品濫用、人為縱火、不可抗力自然因素等生態破壞行為與農業生產損害之間的因果關系鑒定；鑒定受損農作物面積、產量及產值損失。

（二）生態系統環境損害鑒定涉及林果業技術及損失鑒定：包括鑒定林木（包括經濟林、用材林、防護林、苗圃等）品種（科屬、種類、樹齡）相關鑒定；確定林木/林果是否受損、損害范圍和程度；判斷污染環境（排放的廢水、廢氣、傾倒填埋的固體廢物、林果業投入品農藥化肥等導致大氣、地表水、地下水及土壤等環境因素的污染）與林果業生產損害之間的因果關系鑒定；判斷非法占用、工程建設、礦產開采、濫采濫伐、毀林開荒、建筑遮光、林業病蟲害、林業投入品濫用、人為縱火、不可抗力自然因素等生態破壞行為與林果業生產損害之間的因果關系鑒定；鑒定受損林地面積、林木材積、林木數量、果樹產量、林木和林產品的產值損失等。

（三）生態系統環境損害鑒定涉及畜牧技術及損失鑒定：包括鑒定牲畜、家禽、特種養殖等動物的品種鑒定；確定牲畜家禽等是否受損、損害范圍和程度；判斷污染環境（排放的廢水、廢氣、傾倒填埋的固體廢物、飼料業投入品農藥化肥等導致大氣、地表水、地下水及土壤等環境因素的污染）與畜禽生產損害之間的因果關系鑒定；判斷非法占用、工程建設、振動噪音、人為爆破、非正常斷電等生態破壞行為與畜禽生產損害之間的因果關系鑒定；鑒定畜禽業的產量、產值等農業損失。

（四）生態系統環境損害鑒定涉及水產技術及損失鑒定：包括鑒定海水和淡水養殖的動植物的品種鑒定；確定魚、蝦、蟹等水產品是否受損、損害范圍和程度；判斷污染環境（排放的廢水、廢氣、傾倒填埋的固體廢物、水產養殖投入品等導致大氣、養殖水域等環境因素的污染）與漁業生產損害之間的因果關系鑒定；判斷非法占用、工程建設、振動噪音、人為爆破、非正常斷電等生態破壞行為與漁業生產損害之間的因果關系鑒定；鑒定水產品的產量、產值等農業損失。